Nacque a Fitero (Navarra), in Spagna, il 24 giugno del 1600, e fu battezzato il 29 giugno, festa di San Pietro, verso il quale ebbe sempre speciale devozione.

Nel 1610 fu affidato, per la sua educazione, alle cure del vescovo di Tarazona don Diego de Yepes, e per cinque anni frequentò il Collegio della Compagnia di Gesù nella città di Tarazona, da dove poi passò alle Università di Huesca, Alcalá e Salamanca. Finiti gli studi, nel 1621 ritornò ad Ariza, dove governò gli stati di suo padre il Marchese ed ebbe l’opportunità di leggere ed approfondire molti altri autori e testi.

Per interessamento del Conte-Duca de Olivares gli furono offerti posti ed onori nella Madrid di Filippo IV, prima nel Consiglio di Guerra, nel 1626, e, dal 1629, in quello delle Indie, distinguendosi notabilmente per la sua prudenza e intelligenza nei suoi interventi in entrambi.

Nel 1629 ebbe luogo un fatto decisivo nella sua vita, in quanto, dopo un anno di intensa preparazione, nella preghiera e nella penitenza, ricevette l’ordinazione sacerdotale il 15 aprile. Poco dopo l’ordinazione il Re gli conferì la missione di accompagnare, in qualità di cappellano ed elemosiniere, sua sorella Maria, divenuta sposa del re di Ungheria, futuro imperatore. Fu durante questo viaggio di oltre un anno per l’Europa che ebbe luogo il suo incontro mistico con l’Umanità di Cristo attraverso un Crocifisso, con le braccia e le gambe spezzate dagli eretici. Sentì che il Crocifisso gli chiedeva di non lasciarlo lì abbandonato; lo prese con sé, lo fece restaurare, e fu suo compagno di viaggio per il resto della sua vita.

Nel 1639, dopo le opportune consultazioni, don Giovanni de Palafox fu designato per la sede episcopale di Puebla de los Ángeles, con l’aggiunta di altri importanti incarichi di governo nella Nuova Spagna, come quello di Visitatore. Partì per le Indie nel 1640 e là rimase fino al 1649, disimpegnando importanti incarichi al servizio della monarchia e della Chiesa, non senza dispiaceri e incomprensioni da parte di coloro che rifiutavano di sottomettersi alle direttive della disciplina ecclesiastica e all’ordine stabilito dalle leggi della monarchia. In quelle terre si ricorda ancora il Beato Palafox come il grande riformatore, l’instancabile pastore di anime, il protettore dei diseredati e degli indigeni, e anche come il costruttore della cattedrale e di numerosi altri edifici, e il fondatore della Biblioteca Palafoxiana, formata da diverse migliaia di volumi che regalò dalla sua biblioteca privata portata dalla Spagna.

Come prelato, si distinse per la sua attenzione pastorale ed educativa, creando i Collegi di San Pietro e San Paolo per la formazione dei seminaristi, erigendo in essi e dotando cattedre di lingue indigene, senza la conoscenza delle quali non ordinava i sacerdoti. La costruzione della cattedrale, di chiese parrocchiali e altre fondazioni furono sempre al centro della sua attenzione, così come l’istruzione del popolo fedele nella dottrina della fede, mediante le catechesi che lui stesso impartiva nelle sue visite.

Da buon canonista e zelante pastore, ebbe speciale preoccupazione di applicare strettamente le norme promulgate dal Concilio di Trento, riguardanti la disciplina ecclesiastica, il culto eucaristico, il culto mariano e dei santi, la dignità della liturgia e del canto, e, soprattutto, quelle riguardanti una delle sue più costanti preoccupazioni, la formazione del clero.

Il Vescovo Palafox dovette ritornare in Spagna, per ordine del re, in seguito ai problemi sorti intorno ai suoi interventi come riformatore, ma continuò governando la Diocesi, per mezzo dei suoi vicari e di lettere pastorali fino al 1654, in cui fu trasferito a quella di Osma, dove continuò esercitando il suo zelo pastorale fino alla santa morte, avvenuta nel palazzo episcopale di quella città il 1 ottobre 1659.